A Nimfea Természetvédelmi Egyesület a környezet és természetvédő szervezetek között is igyekszik minél több olyan projektet felvállalni, amelyek szélesebb körű együttműködéssel valósulnak meg szakmai kihívásokra reagálva. Ehhez részben országos, részben nemzetközi tevékenységekkel több nagyszerű partnerszervezetre bukkantunk, akikkel az elmúlt évek alatt jó együttműködést és munkatársi kapcsolatot sikerült kialakítanunk (legtöbbjükkel írásos együttműködési megállapodás formájában). Így aztán: "Madarat tolláról, embert barátjáról." - tartja a mondás, és ez esetünkben azt jelenti, hogy szervezetünket partnereiről, támogatóiról is megismerni, illetve miután büszkén vállaljuk a partnerséget ezt referenciaként is használhatjuk. Széleskörűen együttműködést és partnerséget kereső, nyitott szervezetként az alábbi szervezetekkel, intézményekkel kerültünk kapcsolatba az elmúlt években:

Kiemelt jelentőségű együttműködő partnerünk és ernyőszervezeteink a Magyar Természetvédők Szövetsége, Föld Barátai Magyarország, a Közép- és Kelet-Európai Munkacsoport a Biodiverzitás Megőrzéséért (CEEWEB) és Világ természetvédelmi Unió (IUCN)

Egyesületünk tagja továbbá az Észak-Alföldi Regionális Környezetvédelmi Fórum-nak, a Dráva Szövetségnek, a Tisza Platformnak és a Környezeti Tanácsadók Hálózatának. Emellett közreműködik a Zöld Energia Hálózat és a Hulladék Munkacsoport munkájában. Szervezetünk legfontosabb helyi partnerei: Herman Ottó Természetvédő Kör, Sárrét Természetvédelmi Szervezet, Bagolyvédők Baráti Köre, Macskahere Természetvédelmi Kör, Halfaunisztikai Munkacsoport, Biodiverzitás-védelmi Munkacsoport.

Programjainkban állandó partnereink és szövetségeseink a zöld mozgalomból: Csemete Természetvédelmi Egyesület ("leánykori" nevén: Kiss Ferenc Csongrád Megyei Természetvédelmi Egyesület),
E-misszió Környezet- és Természetvédelmi Egyesület, Zöld Kör ("leánykori" nevén:Hajdúböszörményi Ifjúsági Természetvédő Kör), GATE Zöld Klub, Regionális Fejlesztési Egyesület (Tiszafüred), Tisza Klub(Szolnok), Dévaványai Kulturális és Értékőrző Egyesület, Nagykörűért Alapítvány, Lanius Természetvédelmi Egyesület, Pangea Egyesület, Levegő Munkacsoport, Magyar Madártani és Természetvédelmi Egyesület  és tagszervezetei, Természetvédelmi Hivatal és területi igazgatóságai, a WWF Magyarország.

Ezen környezet- és természetvédő szervezetek mellett együttműködünk a Celodin Kht-val, a Támpont Alapítvánnyal, Beklen Alapítvánnyal, a Nagykun Együttműködési Társulással, a Túrkveéért Alapítvánnyal, és tagjai vagyunk a Teleház Szövetségnek